GTの操作に慣れるため、サンプルデータを使ってBAMインポートの仕組みと操作を行います。

このBAMファイルは、VelvetによるNGSリードのアセンブリ結果です。

操作

GTを起動します。

初期状態では、メインウィンドウは以下のように表示されます。

 

TREEペインのRootノードの上で、マウス右クリックします。

メニューが表示されます。

 

Expand Allを選択します。

TREEペインのノードがすべて展開されます。

 

一番上の「bam_importing」を使用します。

 

「bam_importing」ノードの上でマウス右クリックします。

メニューが表示されます。

 

New Analysis Node -> Importing を選択します。

BAM-Importing ダイアログが表示されます。

Add　をクリックします。

「Add BAM Files(s)」ダイアログが表示されます。

 

Ref… をクリックして、デモデータ領域にある、BAMファイルを選択します。

 

「Set」をクリックします。

BAM-Importing　ダイアログに戻ります。

 

チェックボックスすべてにチェックします。

 

Setをクリックします。

Start Importing　確認メッセージが表示されます。

 

「はい」をクリックします。

インポートの実行が開始され、進捗メッセージが表示されます。

 

インポートが終了すると、完了メッセージが表示されます。

 

TREEペインのbam_importing ノード新規のインポートノードが生成されます。

 

新規ノードをクリックして、展開します。

Velvet ノードの上でマウス右クリックします。

メニューが表示されます。

 

「Show BAM Information」を選択します。

 

BAM Information ダイアログが表示されます。

タブをクリックして、ペインを切り替えます。

 

Velvet ノードの上でマウス右クリックします。

メニューが表示されます。

 

「Show Read Alignment」を選択します。Alignment Viewerが表示されます。

 

Alignment Viewerはリサイズできます。