Ligation ダイアログにあるEnd Check チェックボックスがチェックされている場合は、ライゲーションされるDNA配列の末端の形状と塩基配列、およびリン酸化の有無を判定します。

• 各DNA配列の末端形状と末端塩基配列については、IMC独自の方式を採用しています。
• 制限酵素による消化切断などが行われると、IMCオリジナルであるフィーチャーキーのendtypeが塩基位置１に付加されます。
  • このフィーチャーキーにはIMC独自のQualifierである/endtype=n,m (nとmは整数）が必要です。
  • このフィーチャーを削除すると末端形状は保持されなくなります。
• 外部からダウンロードした塩基配列ファイルにはこのようなフィーチャーキーは不可されていないため、これらの配列は平滑末端を持つと仮定されます。
• PCR産物については、その末端をA塩基（アデニン）1塩基突出末端を持つようにすることができます。