現象:
- 全ゲノムのBatch Homology Search が99%進捗したところで停止してしまう。
原因:
- スレッド投入速度がBlast検索速度とのバランスがとれない、および異常に長い検索時間がかかる処理が残っている。
対処方法:
- スレッド投入速度およびガーベージコレクション頻度をユーザが変更できるようにしました。
操作方法:
- Batch Homology Search のパラメータ設定ダイアログで変更します。
Thead Sleep Time を変更します。フィールドに直接数値を入力し、Enter をクリックします。
変更されるとフィールドの背景色が変わります。
変更可能な範囲は、1000 ~ 10000 msec です。数値が大きくなると、スレッド投入間隔が伸びます。
デフォルト値は2500です。
GC Interval を変更します。フィールドに直接数値を入力し、Enter をクリックします。
変更可能な範囲は、100 ~ 1000 です。数値が小さくなると、ガーベージ処理間隔が短くなります。
デフォルト値は、500 です。