トレーニングデータを使用してフラグメントマッピング操作を練習します。
操作
GTを起動します。
「last_mapping」ノードの上でマウス右クリックします。
メニューが表示されます。
「New Analysis Node -> Fragment Mapping」を選択します。
Fragment Mapping ダイアログが表示されます。
Add… をクリックして、デモデータ(トレーニングデータ)の中から、*-demo.fasta というファイルを選択します。
全てのチェックボックスにチェックします。
Run をクリックします。
実行確認メッセージが表示されます。
「はい(Y)」をクリックします。
実行が開始され、実行中は進捗メッセージが表示されます。
マッピング処理が完了すると、完了メッセージが表示されます。
「OK」をクリックします。
last_mapping ノードのAnalysisノードの一番上に今回のマッピング結果のノードが作成されます。
そのノード上でマウス右クリックし、表示されたメニューからExpandを選択するか、ノードをダブルクリックします。
ノードの下にbamファイルノードが表示されます。
そのbamファイルノード上で、マウス右クリックします。
メニューが表示されます。
「Show Read Alignment」を選択します。
マッピング結果を閲覧・解析するための、Alignment Viewer が表示されます。