近縁種ゲノム 間の 遺伝子クラスターアラインメント を行う方法を説明します。
- この機能は以下の IMCエディション で使用できます。
- IMC GE
AE
DS
操作
- カレントレファレンスディレクトリー に比較したい注釈付き(遺伝子同定済) ホールゲノム塩基配列 をロードします。
- レファレンスフィーチャーマップ の一つのゲノムの着目する遺伝子(CDS)の上でマウス右クリックします。
- 表示されるメニューから「Gene Cluster Alignemt」を選択します。
- 実行ダイアログ が表示されます。RUNをクリックします。
- 実行確認メッセージ が表示されます。
- 「はい(Y)]をクリックします。
- 実行が開始され、終了すると Binary Best Hit List ウィンドウが表示され、レファレンスフィーチャーマップ 上の 基準遺伝子 の周辺で相同性のある遺伝子間が帯で結合されます。
- 1つのゲノムをスクロールしても、それにつれて帯は移動しますが、トポロジー は変わりません。
- ズームを行っても同様です。