準備

比較したい近縁種ゲノム塩基配列（CDSがアノテーションされている必要があります）をカレントレファレンスディレクトリーにロードします。

カレントメインディレクトリーにそのうち1ゲノムをロードしておきます。

 

操作

着目する遺伝子（CDS)をキーワード検索などを使用して、メインフィーチャーマップ上で同定しておきます。

ここではキーワード検索を行います。メニューから　Search -> Keyword Search…を選択します。

Keyword Searchダイアログが表示されます。 

フィーチャーキーCDSにチェックし、Keyword(s)テキストフィールドに検索用キーワード（ここではhisG)を入力します。

「Run」をクリックします。

Keyword Search Result ダイアログが表示されます。

リストにチェックすると、そのCDSがメインフィーチャーマップの中央に表示されます。

検索されたCDSフィーチャー上でマウス右クリックします。

プルダウンメニューが表示されます。

Show Homology -> Show Homology A.A.を選択します。

ホモロジー検索が実行されます。ホモロジー検索が実行されます。

検索が完了するとHomology Search ヒットリストダイアログが表示されます。

ダイアログの各行をクリックします。

レファレンスフィーチャーマップの各ゲノムが相同なCDSを中心に並びます。

レファレンスフィーチャーマップの並んだCDSの上でマウス右クリックします。

プルダウンメニューが表示されます。

Gene Cluster Alignment…を選択します。

Gene Cluster Alignment Setting　ダイアログが表示されます。

「Set」をクリックします。

実行確認メッセージが表示されます。

「はい（Y)」をクリックします。

実行が開始され、実行中は進捗メッセージが表示されます。

実行が完了すると、Binary Best Hit (BBH)　List　ダイアログが表示され、同時にレファレンスフィーチャーマップの各近縁種ゲノム間に相同性を示す帯が表示されます。

この状態で、レファレンスフィーチャーマップのズームボタンやスクロールボタンを使用して、マップを操作します。

また、BBH List ダイアログの各行をクリックすると、その行が示す相同性関係のCDSや結合帯がハイライトされます。

以下は、レファレンスフィーチャーマップをズームアウトした状態です。

以下は、BBHリストの行をクリックしたところです。クリックした行に該当する箇所がハイライトされます。

以下は、一番下のゲノムを横スクロールしたものです。