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Reference Map タブペインでは、参照ゲノムマップ　（別名、リニアゲノムマップ、多重ゲノムビューア）のスクロール幅や、目盛り間隔、グリッド線、レイアウト、レーンの高さ、オフセット値、フィーチャーキー毎の表示・非表示の設定、ラベル表示の設定、をカスタマイズできます。

Map Scale Parameters セクション：

参照ゲノムマップ の左右スクロール単位、目盛り設定、グリッド線の表示を設定します。

Map Shift Left プルダウンメニュー：プルダウンメニューから参照ゲノムマップの横スクロールの幅を選択します。参照ゲノムマップの横サイズを１とした場合の左スクロール幅を選択します。マウス1回のクリックで、１は等幅、1/2は2分の1幅、1/4は4分の1幅を左スクロールします。

Map Shift Right　プルダウンメニュー：プルダウンメニューから参照ゲノムマップの横スクロールの幅を選択します。参照ゲノムマップの横サイズを１とした場合の右スクロール幅を選択します。マウス1回のクリックで、１は等幅、1/2は2分の1幅、1/4は4分の1幅を右スクロールします。

Interval of Scale　Auto　ラジオボタン：Autoラジオボタンをオンにすると、参照ゲノムマップの目盛り間隔は自動的に設定されます。

Interval of Scale Custom　ラジオボタン：Customラジオボタンをオンにすると、参照ゲノムマップの目盛り間隔を任意に設定できます。

Interval of Scale Custom　入力フィールド：Custom入力フィールドには、参照ゲノムマップの目盛り間隔を直接入力します。入力できるのは正の整数で単位は bp です。

Show Grid Line チェックボックス：チェックすると参照ゲノムマップにグリッド（点線）を表示します。

Feature Key Arrangement Policy　セクション：

参照ゲノムマップにおけるフィーチャーの配置方法を設定します。

Two Lane ラジオボタン：オンにすると、カレント参照ディレクトリにロードされている各ゲノム配列のフィーチャーは順鎖と逆相補鎖の2行に分けて表示されます。次のラジオボタンをトグルになっています。

One Lane　ラジオボタン：オンにすると、カレント参照ディレクトリにロードされている各ゲノム配列のフィーチャーは順鎖上のフィーチャーも逆相補鎖上のフィーチャーも１行に一緒に表示されます。

View　セクション：

Filename チェックボックス：チェックすると、参照ゲノムマップの各レーンに表示されているゲノム配列のファイル名を表示します。

Height 入力フィールド：参照ゲノムマップのゲノム配列レーン1個の高さを入力します。単位はピクセルです。

Y Offset　入力フィールド：参照ゲノムマップのゲノム配列レーンの縦オフセット値を入力します。単位はピクセルです。

フィーチャーキー設定セクション：

参照ゲノムマップに表示するフィーチャーの表示設定を行います。表示・非表示 チェックボックス：チェックすると、そのフィーチャーキーに属するフィーチャーを参照ゲノムマップのフィーチャーレーンに表示します。

Permenent Label チェックボックス：チェックすると、LBボタンがオフの場合でも、フィーチャーラベルを表示します。

Labelling Qualifier　プルダウンメニュー：参照ゲノムマップ上の各フィーチャーラベルに使用するQualifierを指定します。