表示範囲の表示
上部にある表示フィールドの内容です。この表示はスクロール操作により1行分ずつ変化します。
- Length:現在 ペイン に表示されている塩基長(単位 bp)
- From:現在 ペイン に表示されている塩基配列のゲノム上の絶対開始位置
- To:現在 ペイン に表示されている塩基配列のゲノム上の絶対終了位置
表示範囲のスクロール
- 上部左右にある赤い矢印をクリックします。
- クリックすると1行分ずつ左右にシフトします。
- 1行分ずつ上下にスクロールすることになります。
1行の表示塩基数の変更
- Annotation Window の幅をリサイズすることで変更できます。
ペインに表示する行数の変更
- Annotation Window の高さをリサイズすることで変更できます。
最小限の表示
- 順鎖の塩基配列だけを表示します。左側にある ボタンツール の操作で様々なオプション表示が可能です。
相補鎖塩基配列の表示
- 左側 ツールボックスの -Seqボタン をオンにします。
アミノ酸配列の表示
- ツールボックスの +A.A.ボタン あるいは -A.Aボタン をオンにします。2つを同時にオンすることも可能です。
フィーチャーの表示
- ツールボックスの FKボタン をオンにすることにより、選択されている フィーチャーキー を配列の上にグラフィカル表示できます。
表示フィーチャーの選択方法
- FKボタン の上で マウス右クリック します。
- ポップアップメニュー が表示され、すべての フィーチャーキー が示されます。
- 赤いフォントで表示されている フィーチャーキー が表示対象です。
- 黒のフォントで表示されている フィーチャー の上でマウス右クリックするとその フィーチャーキー を表示対象に変更できます。
- 変更されるとその フィーチャーキー は赤のフォントで表示されます。
表示フィーチャーの選択状況切替
- Select All:全 フィーチャーキー を選択します。
- Reverse Selected:現在選択中の フィーチャーキー を非選択に、非選択中の フィーチャーキー を選択に一括して切り替えます。
Description Windowの起動
- フィーチャー上でのマウス右クリックにより、そのフィーチャーの Description Window を起動できます。
- Annotation Window の Description ペイン を別ウィンドウで開くことになります。
塩基位置目盛の表示
- ツールボックスの Upボタン をオンにすると、塩基配列の位置目盛が配列の上部に表示されます。
- ツールボックスの Sideボタン をオンにすると、塩基配列の位置目盛が配列の各行左側面に表示されます。
塩基配列目盛の絶対・相対表示切替
- ツールボックス の Absボタン をオンにすると、塩基位置目盛はロードされている カレントゲノム配列 の絶対塩基位置で表示されます。
- ツールボックス の Relボタン をオンにすると、塩基配列目盛は現在表示されている範囲の先頭塩基を1として表示されます。
スタートコドン・ストップコドン候補の表示
- ツールボックス の Startボタン をオンにすると、塩基配列および アミノ酸表示フレーム 上に スタートコドン 候補位置が表示されます。
- ツールボックスの Stopボタン をオンにすると、塩基配列および アミノ酸表示フレーム 上に ストップコドン 候補位置が表示されます。
フィーチャーに対応する領域を強調表示
フィーチャーに対応する塩基配列領域を矩形で囲む
- ツールボックスの Rectボタン をオンにすると、フィーチャー に対応する塩基配列領域を矩形で囲みます。
- このとき、塩基配列上の変更可能な スタートコドン は矩形表示ではなく、ハイライト 表示に変わります。
フィーチャーに対応する領域全体を網掛け表示
- ツールボックスの All ボタンをオンにすると、フィーチャー に対応する領域に網掛けされます。
- 網掛けの色は フィーチャーキー に割り当てられた色を透明にしたものになります。
- このとき、塩基配列上の変更可能な スタートコドン は矩形で囲まれます。
フィーチャー表示カラーを変更
- ツールボックスのFKカラーボタンをオンにすると、そのフィーチャーキーに割り当てられたカラーで描画されます。
- FKカラーの設定方法はこちら。
- ツールボックスのCTカラーボタンをオンにすると、そのフィーチャーに登録されたカテゴリーカラーで表示されます。
- カテゴリーカラーはアノテーション進捗段階別に設定されています。
- カテゴリーカラーの設定方法はこちら。
塩基配列10bpごとに空白文字を挿入
- ツールボックスの 10Base ボタンをオンにすると、塩基配列表示が10塩基事に空白が挿入されます。
- これは表示のみで、実際の塩基配列データには空白は挿入されません。
塩基配列上で実行可能な操作
・CDSフィーチャーのスタートコドン位置を変更
- 表示されている CDS フィーチャーのスタートコドン位置を別のコドンに変更する場合は、以下の操作を行います。
- 塩基配列上の変更先スタートコドン位置でマウス右クリックします。
- ポップアップメニューが表示されるので、Set Start Codon を選択します。
- 確認メッセージが表示されます。
- 「はい(Y)」と答えると、その CDS フィーチャーのスタートコドン位置が変更されます。
・新規フィーチャーの登録
- 塩基配列上でマウスドラッグし、新規フィーチャーとして登録したい領域を選択します。
- 選択された領域上でマウス右クリックします。 ポップアップメニューが表示されます。
- Save as (New) Feature をクリックします。
- Feature Registration Dialog が表示されます。
- Feature Registration Dialog は Description Window と同じ機能を持ちます。
- 必要情報を入力し、Apply ボタンをクリックします。
- その領域に新しい Feature が登録されます。
・PCRプライマーの設計
- 選択された領域に関するPCRプライマーを設計できます。
- 塩基配列上でマウスドラッグし、新規フィーチャーとして登録したい領域を選択します。
- 選択された領域上でマウス右クリックします。
- ポップアップメニューが表示されます。
- PCR Primer Design をクリックします。
- 詳細はPCR Primer Design を参照してください。
- 選択された塩基配列をそのまま PCR Primer として登録する場合は、メインウィンドウの配列レーン上で行います。