２つの異なる DNA配列 同士をライゲーションして、1本の DNA塩基配列 を生成します。
操作
- 2つのDNA配列を メインカレントディレクトリー にロードします。
- ここでは サンプルデータ である Bsub_50kb.gbk 配列を予め特定の 制限酵素（BamHI)で消化切断した DNA断片配列 をサンプルとして使用します。
これらの断片は１つの 制限酵素 で 消化切断 したため、同じ 末端形状 を持っています。- メニューから Cloning -> Ligation -> Simple Ligation を選択します。
- Ligation ダイアログ が表示されます。
- Self Ligation チェックボックス にチェックされていた場合は、チェックを外します。
- ライゲーション する２つの断片を選択します。
- １つを 1st ラジオボタン で選択し、もう１つを 2nd ラジオボタン で選択します。
- End Check チェックボックス はチェックしておきます。
- 「Ligation」をクリックします。
- 確認メッセージ「Ligation?」が表示されます。
- 「はい（Y)」をクリックします。
- ライゲーション 実行が開始されます。実行中は 進捗メッセージ が表示されます。
- 完了すると「Ligation List」ダイアログ が表示されます。
- このリストには、２つの断片から生成されるすべての産物の組合せが表示されます。
- このリスト中の産物には、互いに 逆相補鎖 側からみた産物も含まれます。
- 物質としてはまったく同一のものとなりますが、ここでは 逆相補鎖 からみた配列を異なる配列として、リストしてあります。
- 「Select All」をクリックします。
- リスト上の全 ライゲーション の配列にチェックされます。
- 「Load…」をクリックします。
- 直ちにロードが実行され、完了すると 完了メッセージ が表示されます。
- 同時に メインカレントディレクトリー に選択された全部の ライゲーション産物 の配列がロードされます。
- 生成された4つの ライゲーション産物 の関係は、これらを レファレンスフィーチャーマップ にコピーして並列に閲覧するとよく判ります。
- コピーする先の レファレンスディレクトリー を右クリックします。ポップアップメニュー が表示されます。
- 「Change Current Directory」を選択します。
- 確認メッセージ「Change Current Directory?」が表示されます。
- 「はい（Y)」をクリックします。
- コピー先が カレントレファレンスディレクトリ― となります。
- メインディレクトリー に戻り、生成された４つの配列を全部選択します。
- その上で、マウスクリックします。
- ポップアップメニュー が表示されます。
- 「Copy to Ref」を選択します。
- 生成された ライゲーション産物 配列が全部 カレントレファレンスディレクトリー にコピーされます。
- レファレンスフィーチャーマップ 上の4つの ライゲーション産物 配列を眺めてみます。
- 第1レーンと第4レーン、および第2レーンと第4レーンの配列は互いに 逆相補配列 となっていることが判ります。