- PCR プライマーセットをメインフィーチャーマップの配列レーンの塩基配列上から登録します。
登録操作
- テンプレートとなる塩基配列をメインカレントディレクトリ―にロードします。
- ロードされた配列がメインフィーチャーマップに表示されます。
- メインフィーチャーマップに配列レーンが表示されていない場合は、配列レーンをメインフィーチャーマップに追加します。
- PCR 増幅したい領域の上流側のPlus Strand 上の塩基配列をマウスでドラッグします。
- ドラッグされた塩基配列が赤く反転表示されます。
- 塩基配列上で、マウスを右クリックします。
- ポップアップメニューが表示されます。
- メニューから「Save as a Primer」をクリックします。
- 「Primer Registration」ダイアログ が表示されます。
- 「Primer ID」にユニークな名称を入力します(デフォールトではprimer+塩基位置番号が設定されます)。
- 「Primer Sequence」にはコピーされた塩基配列が大文字で自動的にペーストされています。
- 「Comment」欄には自由に記述できます。
- 「Save」をクリックします。
- Forward プライマーが登録されます。
- 同様に Reverse Primer を登録します。
- Reverse primer の場合は配列レーンのPCR増幅予定領域の下流の Minus Strand をマウスでドラッグします。
登録されたプライマーの確認操作
- メニューからCloning -> Primer Design -> PCR Primer Registration をクリックします。
- Priming Site Search Window が表示されます。
- ここには、さきほど登録したプライマーが配列や、Tm、GC 含量などとともに表示されています。
- 最近登録されたプライマーはリストの一番下にあります。