タイリングアレイプローブを自動設計します。
機能
- プローブ塩基長を指定できます。各プローブの先頭塩基同士の距離（塩基数）を指定できます。
- プローブを設計するストランドを指定できます（Forward Strand, Reverse Strand, Both)。
- rRNAなどの指定した注釈（フィーチャーキー）を避けて、プローブを設計できます。
- プローブが設計された位置に何らかの注釈がある場合、その内容を取り込むことが可能です。
- プローブ名に任意の頭文字（プレフィックス）および指定桁数の連番を指定可能です。
- 以下ののフォーマットで出力可能です。
出力フォーマット
- Agilent Simple Format
- Agilent Simple Format はProbeIDとSequenceからなる1プローブ1行あたり2カラムのカンマ区切りのCSVフォーマットです。
- Agilent Complete Format
- Agilent Complete FormatはProbeID, Sequence, TargetID, Accessionns, GeneSymbols, Description, ChromosomalLocationからなる1プローブ1行当たり7カラムのカンマ区切りのCSVフォーマットです。
- IMC Standard CSV Format
- IMC Starndard CSV Formatは、IMCが標準的に使用する1プローブ1行当たり5カラムのカンマ区切りプローブ記述CSVフォーマットです。
操作方法
- メニューのArray Analysis --> Probe Designを選択します。あるいは、ツールボックスからProbe Designをクリックします。
- Probe Designダイアログが表示されます。
- 設計するプローブ塩基長とプローブ間のステップ距離を設定します。また、プローブを設計するストランドを指定します。
- プローブを設計するストランドを指定します。
- 「順鎖上(Forward)だけ」、｛逆鎖上(Reverse)だけ」、「両鎖(Both)上」を指定できます。
- rRNAやrepeatなど特定のフィーチャーキー上をプローブを設計したくない場合は、そのフィーチャーキーにチェックします（複数指定可能）。
- セットボタンをクリックします。
- 実行確認メッセージが表示されます。
- 「はい（yes）」ボタンをクリックします。
- プローブ設計の実行が開始されます。
- 実行が終了すると、設計されたプローブのリストウィンドウが表示されます。
- 出力フォーマットを選択します。出力可能なファイルフォーマットは以下の3種です。
- Agilent Simple Format
- Agilent Complete Format
- IMC Original CSV Format
- ProbeIDの接頭文字列として任意の英数字を指定します。
- ProbeIDの連番は、数字ゼロのみ指定可能です。ゼロの個数で連番の桁数を指定します。連番は１から開始され、１ずつ増加されます。
- ProbeIDの最後にストランドを示すFあるいはRの接尾文字列がつきます。
- 出力対象のプローブにチェックします。
- Select Allをクリックすると全部にチェックされます。
- Reverse Selectedをクリックすると、現在のチェックされているプローブはチェックがはずされ、逆に現在チェックされていないプローブにチェックされます。
- Select All on Plus Strandをクリックすると、順鎖上にあるすべてのプローブにチェックされます。
- Select All on Minus Strandをクリックすると、逆鎖上にあるすべてのプローブにチェックされます。
- CSVボタンをクリックして出力ファイルを保存します。
- Save CSV Fileダイアログが表示されます。
- 保存するファイル名とディレクトリを指定します。
- Agilent Simple Formatを選択した場合の操作方法
- Agilent Simple Formatを選択した場合は、ProbeIDの接頭文字列と連番を設定できます。
- 設定した後、Setボタンをクリックすると設定がリストに反映されます。
- Agilent Complete Formatを選択した場合の操作方法
- Agilent Complete Formatを選択した場合は、ProbeIDの接頭文字列と連番の他に以下の設定が可能です。
- Description桁に設定するために参照されるオーバーラップフィーチャーのフィーチャーキーとQualifierを指定します。
- Chromosome 番号を指定します。
- TargetIDには、参照ゲノム配列ファイルのAcession Numberが採用されます。
- Acessionには、NA|NAが設定されます。
- GeneSymbolにはDescriptionで指定したフィーチャーキーのQualifierが参照されます。
- Descriptionには、参照されたオーバーラップCDSフィーチャーのProductが参照されます。
- ChromosomalLocationには、Chromosome 番号とプローブの塩基位置が生成されます。
- 設定した後、Setボタンをクリックすると設定がリストに反映されます。
- IMC Original CSV Formatを選択した場合の操作方法
- 操作する項目はありません。