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タイリングアレイプローブを自動設計します。

機能

• プローブ塩基長を指定できます。各プローブの先頭塩基同士の距離（塩基数）を指定できます。
• プローブを設計するストランドを指定できます（Forward Strand, Reverse Strand, Both)。
• rRNAなどの指定した注釈（フィーチャーキー）を避けて、プローブを設計できます。
• プローブが設計された位置に何らかの注釈がある場合、その内容を取り込むことが可能です。
• プローブ名に任意の頭文字（プレフィックス）および指定桁数の連番を指定可能です。
• 以下ののフォーマットで出力可能です。

出力フォーマット

• Agilent Simple Format
  • Agilent Simple Format はProbeIDとSequenceからなる1プローブ1行あたり2カラムのカンマ区切りのCSVフォーマットです。
• Agilent Complete Format
  • Agilent Complete FormatはProbeID, Sequence, TargetID, Accessionns, GeneSymbols, Description, ChromosomalLocationからなる1プローブ1行当たり7カラムのカンマ区切りのCSVフォーマットです。
• IMC Standard CSV Format
  • IMC Starndard CSV Formatは、IMCが標準的に使用する1プローブ1行当たり5カラムのカンマ区切りプローブ記述CSVフォーマットです。

操作方法

1. メニューのArray Analysis --> Probe Designを選択します。あるいは、ツールボックスからProbe Designをクリックします。
   • Probe Designダイアログが表示されます。
2. 設計するプローブ塩基長とプローブ間のステップ距離を設定します。また、プローブを設計するストランドを指定します。
3. プローブを設計するストランドを指定します。
   • 「順鎖上(Forward)だけ」、｛逆鎖上(Reverse)だけ」、「両鎖(Both)上」を指定できます。
4. rRNAやrepeatなど特定のフィーチャーキー上をプローブを設計したくない場合は、そのフィーチャーキーにチェックします（複数指定可能）。
5. セットボタンをクリックします。
   • 実行確認メッセージが表示されます。
6. 「はい（yes）」ボタンをクリックします。
   • プローブ設計の実行が開始されます。
   • 実行が終了すると、設計されたプローブのリストウィンドウが表示されます。
7. 出力フォーマットを選択します。出力可能なファイルフォーマットは以下の3種です。
   • Agilent Simple Format
   • Agilent Complete Format
   • IMC Original CSV Format
8. ProbeIDの接頭文字列として任意の英数字を指定します。
   • ProbeIDの連番は、数字ゼロのみ指定可能です。ゼロの個数で連番の桁数を指定します。連番は１から開始され、１ずつ増加されます。
   • ProbeIDの最後にストランドを示すFあるいはRの接尾文字列がつきます。
9. 出力対象のプローブにチェックします。
   • Select Allをクリックすると全部にチェックされます。
10. Reverse Selectedをクリックすると、現在のチェックされているプローブはチェックがはずされ、逆に現在チェックされていないプローブにチェックされます。
11. Select All on Plus Strandをクリックすると、順鎖上にあるすべてのプローブにチェックされます。
12. Select All on Minus Strandをクリックすると、逆鎖上にあるすべてのプローブにチェックされます。
13. CSVボタンをクリックして出力ファイルを保存します。
    • Save CSV Fileダイアログが表示されます。
14. 保存するファイル名とディレクトリを指定します。
15. Agilent Simple Formatを選択した場合の操作方法
    • Agilent Simple Formatを選択した場合は、ProbeIDの接頭文字列と連番を設定できます。
    • 設定した後、Setボタンをクリックすると設定がリストに反映されます。
16. Agilent Complete Formatを選択した場合の操作方法
    • Agilent Complete Formatを選択した場合は、ProbeIDの接頭文字列と連番の他に以下の設定が可能です。
17. Description桁に設定するために参照されるオーバーラップフィーチャーのフィーチャーキーとQualifierを指定します。
18. Chromosome 番号を指定します。
    • TargetIDには、参照ゲノム配列ファイルのAcession Numberが採用されます。
    • Acessionには、NA|NAが設定されます。
    • GeneSymbolにはDescriptionで指定したフィーチャーキーのQualifierが参照されます。
    • Descriptionには、参照されたオーバーラップCDSフィーチャーのProductが参照されます。
    • ChromosomalLocationには、Chromosome 番号とプローブの塩基位置が生成されます。
19. 設定した後、Setボタンをクリックすると設定がリストに反映されます。
20. IMC Original CSV Formatを選択した場合の操作方法
21. 操作する項目はありません。