CDSが同定されているゲノム塩基配列に対して、オーソログデータベースであるCOGとの相同性検索を実行し、COGの機能分類コードを自動転記します。結果として、各CDSをフィーチャーマップ上にカラー分類表示することができます。
実装Edition
- IMC GE
, AE
, DS
, GT
準備するもの
- COGデータベース myva
- サンプルゲノム配列例 Bsub50kb.gbk
- 任意のゲノム配列で実行可能ですが、COGデータベースは酵母以外の原核生物種を含まないため、真核生物ゲノム配列は適当ではありません。
- サンプル配列は、枯草菌の一部領域のとりだしたものですが、全ゲノムで実行すると処理時間がかかる場合があります。
操作方法
- COGデータベースをダウンロードします。
- NCBIからあるいは当サイトダウンロードメニューからダウンロードできます。
- COGデータベースを登録します。
- バッチホモロジー検索用DB登録機能を使用します。
- Menuの"File" -> "Create Blast DB"を選択します。あるいは、ツールボックスのCreate Blast DBをクリックします。
- "Create Blast DB" 機能の詳細情報
- サンプルゲノム配列を読み込みます。
- サンプルゲノム配列はIMCインストール時に"ユーザ/Documents/sample"フォルダーに生成されます。
- あるいは当サイトのダウンロードメニューからダウンロードできます。
- ORF Extractionを実行します。
- メニューから"Genome Analysis" -> "ORF" -> "ORF Extraction..."を選択します。
- ORF Extractoin 実行ダイアログが表示されます。
- Runをクリックします。
- ORF抽出が実行されます。
- ORF抽出結果ダイアログが表示されます。
- ORF候補を選択し、Insert as New Featureをクリックします。
- ORF候補がフィーチャーとして登録されます。
- アミノ酸翻訳を実行し、各ORF候補をCDSに変換し、同時にそのアミノ酸翻訳を実行します。
- メニューから"Genome Analysis" -> "ORF" -> "Translation"を選択します。
- Translation実行ダイアログが表示されます。
- 各CDSにアミノ酸配列が登録されていないと検索は" No Hit"となります。
- 各CDSにすでにアミノ酸配列が登録されている場合は、この処理は不要です。
- 各ORF候補がCDSに変換され、指定されたGenetic Tableを使用してアミノ酸翻訳されます。
- CDSのアミノ酸翻訳機能の詳細情報
- バッチホモロジー検索を実行します。
- ゲノム上の全CDSを対象とする場合は、Menuの"Genome Analysis" -> "Homology Search" -> "Homology Search for Selected Feature Key"を選択あるいは、ツールボックスのBat Homology Searchボタンをクリックします。
- ゲノム上のある指定領域にある全CDSを対象とする場合は、マウスでその領域をドラッグし、領域を指定します。その選択領域の上でマウス右クリックし、表示されるポップアップメニューから"Homology Search by Selected Feature"を選択します。
- 表示されるBatch Homology Searchダイアログで、COGデータベースを選択し、Setボタンをクリックすると、実行が開始されます。
- Batch Homology Search機能の詳細情報
- Classification Codeでカラー分類表示します。
- Toolboxの"Draw Feature in Classification Color"ボタンをクリックします。
