ゲノム解析ソフトウェア技術情報サイト

ゲノムアノテーションを行うためのツール群です。

主として、以下のソフトウェアが使用されます。

多くのソフトウェアは、Linux上で動作するため、Windowsで利用する際には、外部サーバなどを用います。

また、WindowsのLinuxエミュレータを使用することにより、Windows PCローカル環境でも利用することができます。

• CDS同定用ソフトウェア
  • MetaGeneAnnotator
  • Augustus
  • Blast+
• tRNA同定用ソフトウェア
  • tRNAScan-SE
• rRNA同定用ソフトウェア
  • RNAmmer
• モティーフ同定ソフトウェア
• その他

ゲノムアノテーションを全自動で行う機能です。

アノテーションを行うゲノム塩基配列を登録すると、そのゲノム配列へのアノテーションを全自動で行います。

実行前に使用する同定ソフトウェアや使用する配列データベースを選択することができます。

ゲノムアノテーション処理は計算量が多く、長時間がかかる場合が多いため、外部サーバ上でこれを実行し、結果を得ることが広く行われています。

また、ゲノムアノテーションに使用される遺伝子同定ソフトウェアはLinux上で動作するように開発されたものが多く、Windowsでは実行できない場合があります。

このような場合にも、外部Linuxサーバ上にそれらのソフトウェアをインストールしておき、アノテーションを行うメリットがあります。

MacOSXは、Linuxベースであるため、それらの同定ソフトウェアはMacのローカル環境でそのまま動作するものが多くなっています。

しかし、この場合も手動アノテーションを並行で行う際には、手動操作が遅くなるおそれがあり、Macの場合でも外部サーバ上でアノテーションを行うメリットがあります。

IMCでは、外部サーバ上にアノテーション用データベースを作成する機能があり、簡単にサーバ上に検索データベースを生成することができます。

IMCに搭載されたアノテーション用の機能を使用して 手動アノテーション を行うことができます。

IMCには以下のようなアノテーションツールが用意されています。

• Annotation Viewer-Editor Window
• Description Editor Window
• Sequence Viewer
• フィーチャー への 連番付加機能
• 不要なフィーチャー・Qualifier の除去機能
• フィーチャー演算子
• バッチホモロジー検索機能
• その他

検索結果として絞り込まれたフィーチャーへの連番を付加することできます。

各フィーチャーがもつQualifierの１つを選択し、その値として連番が付加されます。

具体的には、フィーチャーキー検索、キーワード検索、ゲノム統計情報の各検索結果画面から操作できます。

また、カレントメインディレクトリ上にあり、選択された複数のゲノム配列上のフィーチャーへ統一された連番を付加することができます。