IMC L09A 自動アノテーションを使いCOG機能分類カラー表示作成日:2018年09月05日 | 最終更新日:2018年09月15日 | 印刷 | 参照数: 2977CDSが同定されているゲノム塩基配列に対して、オーソログデータベースであるCOGとの相同性検索を実行し、COGの機能分類コードを自動転記します。結果として、各CDSをフィーチャーマップ上にカラー分類表示することができます。 実装Edition IMC GE, AE, DS, GT 準備するもの COGデータベース myva サンプルゲノム配列例 Bsub50kb.gbk 任意のゲノム配列で実行可能ですが、COGデータベースは酵母以外の原核生物種を含まないため、真核生物ゲノム配列は適当ではありません。 サンプル配列は、枯草菌の一部領域のとりだしたものですが、全ゲノムで実行すると処理時間がかかる場合があります。 操作方法 COGデータベースをダウンロードします。 NCBIからあるいは当サイトダウンロードメニューからダウンロードできます。 COGデータベースを登録します。 バッチホモロジー検索用DB登録機能を使用します。 Menuの"File" -> "Create Blast DB"を選択します。あるいは、ツールボックスのCreate Blast DBをクリックします。 "Create Blast DB" 機能の詳細情報 サンプルゲノム配列を読み込みます。 サンプルゲノム配列はIMCインストール時に"ユーザ/Documents/sample"フォルダーに生成されます。 あるいは当サイトのダウンロードメニューからダウンロードできます。 ORF Extractionを実行します。 メニューから"Genome Analysis" -> "ORF" -> "ORF Extraction..."を選択します。 ORF Extractoin 実行ダイアログが表示されます。 Runをクリックします。 ORF抽出が実行されます。 ORF抽出結果ダイアログが表示されます。 ORF候補を選択し、Insert as New Featureをクリックします。 ORF候補がフィーチャーとして登録されます。 アミノ酸翻訳を実行し、各ORF候補をCDSに変換し、同時にそのアミノ酸翻訳を実行します。 メニューから"Genome Analysis" -> "ORF" -> "Translation"を選択します。 Translation実行ダイアログが表示されます。 各CDSにアミノ酸配列が登録されていないと検索は" No Hit"となります。 各CDSにすでにアミノ酸配列が登録されている場合は、この処理は不要です。 各ORF候補がCDSに変換され、指定されたGenetic Tableを使用してアミノ酸翻訳されます。 CDSのアミノ酸翻訳機能の詳細情報 バッチホモロジー検索を実行します。 ゲノム上の全CDSを対象とする場合は、Menuの"Genome Analysis" -> "Homology Search" -> "Homology Search for Selected Feature Key"を選択あるいは、ツールボックスのBat Homology Searchボタンをクリックします。 ゲノム上のある指定領域にある全CDSを対象とする場合は、マウスでその領域をドラッグし、領域を指定します。その選択領域の上でマウス右クリックし、表示されるポップアップメニューから"Homology Search by Selected Feature"を選択します。 表示されるBatch Homology Searchダイアログで、COGデータベースを選択し、Setボタンをクリックすると、実行が開始されます。 Batch Homology Search機能の詳細情報 Classification Codeでカラー分類表示します。 Toolboxの"Draw Feature in Classification Color"ボタンをクリックします。 前へ