原核ゲノム配列 から ORF候補 を抽出し、新規フィーチャーとして登録します。
ORF候補の判定は、ストップコドン不在領域 の長さによって行います。
3種類の塩基長範囲の ストップコドン 不在領域(ORF_long, ORF_Middle,ORF_Short)を設定できます。
ORF候補はTranslate機能でCDSに変更することができます。
操作
- メインカレントディレクトリー に 原核生物 の ゲノム塩基配列 をロードします。
- ここでは例として、サンプルデータ のBsub50kb.fastaを使用します。
- ロードすると通常は カレント配列 となり、メインフィーチャーマップ に表示されます。
- メインフィーチャーマップ に表示されない場合は、メインディレクトリ 上のこの配列をクリックします。
- メニューから「Genome Analysis -> ORF -> ORF Extraction」をクリックします。
- 「Range Setting」ダイアログ が表示されます。
- 「Only Longest ORFs are Extracted in case of Overlap」チェックボックス にチェックします。
- 「Run」をクリックします。
- 「Stard ORF Search?」確認メッセージ が表示されます。
- 「はい(Y)」をクリックします。
- ORF抽出 が終了すると、「ORF Site」ダイアログ が表示されます。
- 左側のリストに ORF種類 別のORF候補検出件数が表示されます。
- 左側のリストの各 チェックボックス にチェックします。
- あるいは、左下の「Select All」をクリックします。
- 右側のリストに各ORF候補のフレームNo、開始塩基位置、終了塩基位置、塩基長、ストランド、塩基が表示されます。
- 抽出されたORF候補全部をフィーチャーとして登録する場合は、右下の「Select All」をクリックします。
- 全部のORF候補にチェックされます。
- 「Insert New Feature」をクリックします。
- 「Insert New Feature?」確認メッセージが表示されます。
- 「はい(Y)」をクリックします。
- 「Completed!!!」メッセージが表示されます。
- 「OK」をクリックします。
- 「ORF Site」ダイアログをクローズしないでおくと、各ORF候補の位置の確認に使用できます。
- 右側リストのORF候補の1つをクリックします。
- メインフィーチャーマップ の対応するフィーチャーの位置がハイライトされます。
- 「ORF Site」ダイアログの「Close」をクリックします。
- 「ORF Site」ダイアログが閉じます。
- メインフィーチャーマップ の フィーチャーレーン 上に、登録されたORF候補のフィーチャーが表示されています。
次に、「ORF候補のフィーチャーキーをCDSに変更し、アミノ酸翻訳します」に進みます。