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原核ゲノム配列 から ORF候補 を抽出し、新規フィーチャーとして登録します。

ORF候補の判定は、ストップコドン不在領域 の長さによって行います。

3種類の塩基長範囲の ストップコドン 不在領域(ORF_long, ORF_Middle,ORF_Short）を設定できます。

ORF候補はTranslate機能でCDSに変更することができます。

操作

1. メインカレントディレクトリー に 原核生物 の ゲノム塩基配列 をロードします。
2. ここでは例として、サンプルデータ のBsub50kb.fastaを使用します。
3. ロードすると通常は カレント配列 となり、メインフィーチャーマップ に表示されます。
4. 
5. メインフィーチャーマップ に表示されない場合は、メインディレクトリ 上のこの配列をクリックします。
6. メニューから「Genome Analysis　-> ORF -> ORF Extraction」をクリックします。
7. 
8. 「Range Setting」ダイアログ が表示されます。
9. 
10. 「Only Longest ORFs are Extracted in case of Overlap」チェックボックス にチェックします。
11. 
12. 「Run」をクリックします。
13. 「Stard ORF　Search？」確認メッセージ が表示されます。
14. 
15. 「はい（Y)」をクリックします。
16. ORF抽出 が終了すると、「ORF　Site」ダイアログ が表示されます。
17. 左側のリストに ORF種類 別のORF候補検出件数が表示されます。
18. 
19. 左側のリストの各 チェックボックス にチェックします。
20. あるいは、左下の「Select All」をクリックします。
21. 右側のリストに各ORF候補のフレームNo、開始塩基位置、終了塩基位置、塩基長、ストランド、塩基が表示されます。
22. 
23. 抽出されたORF候補全部をフィーチャーとして登録する場合は、右下の「Select All」をクリックします。
24. 全部のORF候補にチェックされます。
25. 
26. 「Insert New Feature」をクリックします。
27. 「Insert New Feature？」確認メッセージが表示されます。
28. 
29. 「はい（Y)」をクリックします。
30. 「Completed!!!」メッセージが表示されます。
31. 
32. 「OK」をクリックします。
33. 「ORF　Site」ダイアログをクローズしないでおくと、各ORF候補の位置の確認に使用できます。
34. 右側リストのORF候補の１つをクリックします。
35. 
36. メインフィーチャーマップ の対応するフィーチャーの位置がハイライトされます。
37. 「ORF　Site」ダイアログの「Close」をクリックします。
38. 「ORF　Site」ダイアログが閉じます。
39. メインフィーチャーマップ の フィーチャーレーン 上に、登録されたORF候補のフィーチャーが表示されています。
40. 

次に、「ORF候補のフィーチャーキーをCDSに変更し、アミノ酸翻訳します」に進みます。