IMCでは、シンプルなORF候補抽出機能を提供しています。
カレント塩基配列の6個のフレーム上で、ストップコドンから次のストップコドンまでの領域で指定した塩基長以上を有するものを抽出します。
ORF候補は、CDSへ変換し、アミノ酸翻訳を行うことも可能です。
ORF候補領域が他のORF候補領域を包含する場合は、より塩基長の大きいのものを採用できます。
IMCでは、このほかに外部コマンドとして、Gene FindingプログラムであるAugustusおよびMetaGenomeAnnotatorを起動し、その結果を取り込むことができます。
また、Glimmerなどの遺伝子同定プログラムの出力結果をインポートして、カレント配列上にマッピングすることができます。