IMCの制限酵素機能では、元のDNA塩基配列に注釈(Feature)が付加されていれば、その注釈を保持した状態で断片化することができます。
1つのFeatureが制限酵素で分割されてしまう場合には、そのFeature自体は継承されますが、状況によってはFeature Keyが自動的に変更されることがあります。
制限酵素消化断片の末端形状は、正しく保存されます。これにより、断片同士のライゲーションを行う際に、ライゲーション可能か否かをチェックします。
大腸菌において、メチル化部位が制限酵素消化に影響するか否かをチェックすることができます。
よく使用する制限酵素をマイセットとして登録しておくことも可能です。新たに提供された制限酵素を登録したり、使用されなくなった制限酵素を削除することも可能です。