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IMCの制限酵素機能では、元のDNA塩基配列に注釈（Feature)が付加されていれば、その注釈を保持した状態で断片化することができます。

1つのFeatureが制限酵素で分割されてしまう場合には、そのFeature自体は継承されますが、状況によってはFeature Keyが自動的に変更されることがあります。

制限酵素消化断片の末端形状は、正しく保存されます。これにより、断片同士のライゲーションを行う際に、ライゲーション可能か否かをチェックします。

大腸菌において、メチル化部位が制限酵素消化に影響するか否かをチェックすることができます。

よく使用する制限酵素をマイセットとして登録しておくことも可能です。新たに提供された制限酵素を登録したり、使用されなくなった制限酵素を削除することも可能です。

制限酵素の管理

• 部分セット選択、
• 種類による絞り込み
  • 認識塩基数の区別
  • パリンドローム性
  • 平滑・突出末端の区別
  • DAM/DCMの有無
  • 切断箇所数による違い
• 制限酵素リストの別名保存、リスト編集
• 酵素新規登録、酵素編集、酵素削除

制限酵素認識部位の探索機能

• 探索領域選択、
• 認識部位検索、
• 認識部位リスト表示、
• 制限酵素地図表示、
• 複数配列からの一括検索