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IMC YS0001 Batch Homology Search が 99%で停止する

現象:

  • 全ゲノムのBatch Homology Search が99%進捗したところで停止してしまう。

原因:

  • スレッド投入速度がBlast検索速度とのバランスがとれない、および異常に長い検索時間がかかる処理が残っている。

対処方法:

  • スレッド投入速度およびガーベージコレクション頻度をユーザが変更できるようにしました。

操作方法:

  • Batch Homology Search のパラメータ設定ダイアログで変更します。

IMC868_3x_1.png

 

Thead Sleep Time を変更します。フィールドに直接数値を入力し、Enter をクリックします。

変更されるとフィールドの背景色が変わります。

変更可能な範囲は、1000 ~ 10000 msec です。数値が大きくなると、スレッド投入間隔が伸びます。

デフォルト値は2500です。

IMC868_3x_2.png

GC Interval を変更します。フィールドに直接数値を入力し、Enter をクリックします。

変更可能な範囲は、100 ~ 1000 です。数値が小さくなると、ガーベージ処理間隔が短くなります。

デフォルト値は、500 です。

IMC868_3x_3.png

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