真核生物のゲノム配列から、外部ツールAUGUSTUSを用いて遺伝子(gene/CDS)を予測します。
操作
- 遺伝子予測の対象ゲノム配列をカレントフォルダー上にロードします。通常はFastA形式の塩基配列ファイルをロードしますが、すでにある程度アノテーションが付加されているGenBank/EMBL形式の塩基配列ファイルでも構いません。
- ロードされた塩基配列がカレントゲノムとしてメインフィーチャーマップに表示されていることを確認します。
- メインメニューから
Genome Analysis > ORF Finder > Eukaryotic Gene Prediction by AUGUSTUSを選択します。 - AUGUSTUSの実行確認ダイアログが表示されます。
- 予測のモデルとするSpeciesオプションを選択します。モデルとするSpeciesが解析するSpeciesと異なる場合は近縁種を選択します。
- 「はい(Y)」をクリックすると、実行が開始され、実行中は進捗ダイアログが表示されます。
- 予測処理が終了すると、ダイアログが閉じられ、予測された遺伝子がgene・CDSの各フィーチャーとしてカレントゲノム上に登録・表示されます。
- この予測結果は保存されていないため、保存したい場合は「Save」あるいは「Save As」機能を使用して結果を保存します。