Bamファイルのインポートについて

Bamファイルのインポートをしても、最初の962タグ（500bp程度）が貼り付いただけで、残りがまったく見れない状況です。おなじBamファイルをIGVでみると、4Mサイズのゲノム全長にわたってタグが貼り付くことは確認しています。何がもんだいなのでしょうか？
よろしくお願いいたします。

先日のGT Version Up　1.3.12において、インポート機能やマッピング機能におけるTrimmingパラメータのデフォールト値が「Trimminｇ実行がオン」に変更されました。これまではこのパラメータがオンになっていなくとも、今回のVersion Upで強制的にオンに変更されてしまいます。この結果、これらの処理がデフォールトの1000件を実行した時点で終了してしまいます。
上記が正しく通知されていなかったことをお詫びしますと、同時に、今後のVersion Upで、もう少し判りやすい設定に改良します。