IMC: ORF同定では、イントロンはどのように扱われますか？

akr
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IMC: ORF同定では、イントロンはどのように扱われますか？

19 10月 2010 08:45

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ORF同定（Menu のGenome Analysis  ORF Extraction）では、イントロンなどは、どのように扱われるのでしょうか？今回扱っているゲノムは、糸状菌(カビ)で、cds内にイントロンがいくつか含まれています。

「2010/09/27 T大学Sさんからの質問」代理投稿しました。-Forum Administrator-

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akr
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Re: IMCのORF同定は原核生物用で、真核対応はしておりません。

19 10月 2010 08:45

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上記のORF Extractionでは、原核対応で、真核生物のExon, Intron予測はできません。
真核生物の場合は、AUGUSTUSというソフトウェアを外部サーバで実行し、その結果を取り込むことは可能です。
AUGUSTUSというのはドイツで開発されたカビの予測に良く使用される真核生物遺伝子予測ソフトウェアでLinux上で動作します。

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