short ORF 抽出方法を教えてくれませんか?
- LongZhu
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- akr
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Re: Short ORFのみを新規に同定する方法です。
06 1月 2011 03:43
新規に300bp以下のORFを抽出する方法は以下のの通りです。
- "Option Setting" --> "Feature Setting" --> "Genome Analysis" Tabを選択します。
- Genome Analysisのオプション設定ダイアログが表示されます。
- ORF Extraction Settingフィールドで、Short ORFに300を入力します。Long ORFとMiddle ORFにはそれより大きい塩基数をセット(例えば、Long ORF=1500, Middle ORF=600など)します。
- Applyボタンをクリックし、設定を確定します。
- "Genome Analysis" --> "ORF Extraction..."を選択します。
- "Range Setting" ダイアログが表示されます。
- ここで、同一領域により長いORFが存在する場合は、最長のORFのみを抽出対象に設定するため、"Only longest ORFs are extracted in case of overlapping ORFs" にチェックします。
- "Set"ボタンをクリックします。確認メッセージにOKをクリックします。
- ORF抽出結果ウィンドウが表示されます。
- "Short" をチェックします。
- 右側のリストに300bp以下のORFが表示されます。
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- akr
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