Gapped Alignmentの設定について

MetagenomeGAMBLERに実装されていました2bp程度のGapを加えたマッピング（gapped alignment)を実行したいのですが、どうすればよろしいでしょうか？設定方法をお教えください。:huh:

回答が遅れて申し訳ありません。

Gapped Alignemt機能は、MGG:MetaGenomeGAMBLERには搭載されておりますが、この処理は実行時間がかなりかかるため、現在のところGTには実装されていません。
処理時間の短縮のための改良が完了した段階で実装する予定です。

GT Developer

Short Read側へのギャップ挿入については、2011年3月末までに実装する予定です。
Reference Gennome側へのギャップ挿入機能については、2011年4月末までに実装する予定です。

GT Developer