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Paired-End MappingにおけるPaired-End libraly sizeの情報がAlignViewのmate-pairに反映されていないように思います

  • TsubasaTakahashi
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Paired-End MappingにおけるPaired-End libraly sizeの情報がAlignViewのmate-pairに反映されていないように思います

30 Mar 2011 04:20
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Paired End Mappingを実行する際のライブラリーサイズの情報が
マッピングされたリードに反映させたいのですが、
どうしたらよいか、教えていただきたく存じます。:huh:

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  • akr
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Re: ライブラリのサイズ情報のマッピング結果への反映の現状

01 Apr 2011 03:48
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Paired-End Mapping結果は、以下の5種に分類されます。
1. Normal: 同一コンティグ上でかつ指定サイズ範囲内にマッピングされたペア
2. Abnormal: 同一コンティグ上でかつ指定サイズ範囲外にマッピングされるペア
3. Bridge: 別コンティグ上にマッピングされるペア
4. Single Hit: ペアの一方だけがマッピングされたもの
5. No Hit: ペアのいずれもマッピングできなかったもの
現Versionでは、1と2をマッピング結果に含めているため、Abnormalデータも結果表示されてしまいます。
今後のVersionでは2のAbnormalを非表示あるいは別カラーで表示するオプションを追加する予定です。

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