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COGの機能分類コードを各ORFに自動的に付加する方法が知りたい

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COGの機能分類コードを各ORFに自動的に付加する方法が知りたい

04 Feb 2011 08:14
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すでにORF同定されている原核微生物ゲノム塩基配列に対して、自動的にCOGの機能分類コードを付加して、それをフィーチャーマップ上に機能別に色分けして描画する方法を教えてください。

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  • akr
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Re: 以下の方法で実行します

11 Feb 2011 08:33
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  1. COGアミノ酸配列データベースを入手します。
  2. ここから もダウンロードできます。
  3. メニューからFile --> Create Blast DBを選択します。
  4. COGアミノ酸データベースを指定して、そのデータベースを作成します。
  5. 自動的にCOGコードを付加するORFをもつGenBank/EMBLファイルを読込ます。
  6. メニューからGenome Analysis --> Homology Search by All Featureを選択します。
  7. COGデータベースを選択し、セットボタンをクリックして実行します。
  8. ORF数が多いと実行時間がかかります。
  9. Homology検索が終了したら、メニューからView --> Show with Classification Colorを選択します。

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