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DNAの片側の鎖上のCDSの数の求め方について

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DNAの片側の鎖上のCDSの数の求め方について

07 Dec 2010 08:01
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それぞれの鎖上のCDSの数を求める機能があれば教えてください。

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  • akr
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Re: 「正規の」方法はありません。あまりよくない邪道があります。

07 Dec 2010 13:15
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現Version4.2.12 では、両鎖の総数はFeature Key Search機能およびFeature Statistics統計機能で簡単に表示できますが、片鎖の上のCDS総数を「正規に」求める方法はありません。

あまりよくない方法ですが、上記のFeature Key Search機能を使い、数えない方のStrand上のCDSを全部削除すると総数を表示させることは可能です。

操作方法
1.MenuのSearch --> Feature Key Searchを選択します。
2.CDSにチェックを入れ、Setボタンをクリックします。
3.すると両鎖のCDS数が表示されます。
4.CDSにチェックを入れると、全CDSのリストが表示されます。
5.Select All on Plus Strand あるいはSelect All on Minus Strandをクリックします。
6.選択したStrandの全CDSにチェックが入ります。
7.Delete Feature をクリックします。ここではまだ完全には削除されていません。
8.Menu からDelete All Feature Completelyを選択します。ここで指定したStrand上のCDSが削除されます。
9.再度1~3を実行します。これで片Strand上のCDS数をカウントできます。
10.このファイルは上書き保存しないようにします。

IMC Developer

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Re: IMC Version 4.3.1にて、これらの数字を表示する方法が実装されました。

11 Feb 2011 08:22
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IMC Version 4.3.1にて、これらの数字を表示する方法が実装されました。
フィーチャーキー検索機能あるいはフィーチャー統計機能において、片ストランドだけを全部選択するボタン「Select All on Plus/Minus Strand」をクリックすると右肩にチェックされた総数が表示されます。

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