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IMC: GenBankオリジナルファイルのワードラップが変更されてしまう

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IMC: GenBankオリジナルファイルのワードラップが変更されてしまう

14 Oct 2010 03:52
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オリジナルGenBankファイルに記述されていたWord WrapがIMCに読み込むと変更されてしまうケースがあります。

たとえば、以下のようなケースです。
オリジナル:
(空白20文字)/product="predicted nicotinamide mononucleotide
(空白20文字)transporter"
IMC編集後:
(空白20文字)/product="predicted nicotinamide mononuuleotidetransporter
(空白20文字)"

「2010/10/8 民間企業Aさんからの指摘」を代理投稿しました(フォーラム管理者)

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Re: IMCの内部フォーマットでは、改行を削除し注釈を1行にして保持しているため発生する現象です。

21 Oct 2010 08:03
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これは、IMCの内部では改行を削除し、1つのqualifierの注釈を1行にして保持しているため発生する現象です。
至急、対応策を検討します。

IMC Developer

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Re: 特殊文字列「\zx]

13 Nov 2010 08:18
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IMC Version 4.2.6 において以下の方法で対処しました。

IMCの内部フォーマットでは、qualifier行にある改行は削除せず、文字列「\zx」に置き換えます。
GenBank/EMBLファイル出力の場合には、これを元の改行コードに置き換えます。

IMCのDescription WindowやAnnotation Windowにおいては、改行コードは「\zx」で表示されます。
利用者はこの「\zx」文字列を追加したり、削除したり移動することが可能です。

IMC Developer

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Re: IMC内部では特殊文字列「\zx」に改行コードを置換え、ファイル出力の際に元の改行コードに戻します。

13 Nov 2010 08:19
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IMC Version 4.2.4 において以下の方法で対処しました。

IMCの内部フォーマットでは、qualifier行にある改行は削除せず、文字列「\zx」に置き換えます。
GenBank/EMBLファイル出力の場合には、これを元の改行コードに置き換えます。

IMCのDescription WindowやAnnotation Windowにおいては、改行コードは「\zx」で表示されます。
利用者はこの「\zx」文字列を追加したり、削除したり移動することが可能です。

IMC Developer

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Re: IMC内部でも改行コードをそのまま保持するようになりました。

04 Jan 2011 10:19
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IMC Version 4.2.13からはIMC内部でも改行コードをそのまま保持するように改良しました。

IMC Developer

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Re: Description WindowおよびAnnotation Windowの表示が変わりました。

21 Jan 2011 11:23
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内部改行コード保持されるようになったため、Description WindowおよびAnnotation WindowにおけるQualifer行はすべてText Areaとなり、改行を含む複数行表示となりました。

IMC Version 4.2.13から

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