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CSVをImportすると、Out of memory エラーが出る

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CSVをImportすると、Out of memory エラーが出る

25 Jan 2012 08:53
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配列だけのGenbankファイルを開き、CSVをImportするとOut of memoryエラーが発生します。
CSVファイルは5000行程度で、ファイルサイズも400KB程度です。

セキュリティの関係上、このファイルを送って検証して頂くことができないのですが、
何が原因として考えられるでしょうか?

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  • akr
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Re: Re: CSVをImportすると、Out of memory エラーが出る

27 Jan 2012 07:53
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GenBankファイルには配列以外に定義行などいくつかの必須行が必要です。
「配列だけ」のGenBankファイルとはどのようなファイルでしょうか?

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Re: Re: CSVをImportすると、Out of memory エラーが出る

27 Jan 2012 08:34
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IMCでFastaファイルを開き、SaveでGenbank形式で保存した、Featureがないファイルのことです。
なので定義行はあります。

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  • akr
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Re: Re: CSVをImportすると、Out of memory エラーが出る

28 Jan 2012 06:26
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おそらく、そのCSVファイルのどこかの行が解析できず、変なループに入ってしまったものと思われます。
データは機密ということなので、そのCSVファイルを半分に切断して、落ちる方をさらに半分にするという
バイナリーサーチの方法で、その原因となる箇所を同定します。

また、コマンドプロンプトあるいはターミナルからコマンドラインでIMCを実行すると、より詳しいエラー
メッセージが得られる場合があります。

IMCのトラブル時起動方法は こちら です。

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