ようやくbatch primer designを理解することができました．
それをふまえて，おねがいなのですが，全ORFについて一つ一つprimerをデザインすることが大変なので，
1. 最も良いprimer pairを一括してcsvに書き出して，primerの注文を可能にできないでしょうか？これができると全ORFを用いたcDNAアレイをつくるためのprimer注文，PCRが楽になります．または現在の384サンプル可能なrealtime PCRで全ORFの発現解析が楽になります．候補がない箇所については条件を甘くすれば良いと思うので，その旨を知らせるエラーがでてくれるとありがたいです．
2. ゲノム全体をoverlapするプライマーのデザインをいっかつしてできるようにできたないでしょうか？ゲノムのミスアセンブルの箇所の検出や，Whole genomic scanning PCRが可能になります．genofragというソフトがありますが，ゲノムのどこにハイブリするのか読み込みが現状では手間なので．
「2010/08/30 TI大学Ｍさんからの要望」代理投稿しました。-Form Administrator-
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