IMC i04 新旧ライゲーション機能の比較
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- カテゴリー: ライゲーション
IMC Version 9 において新Ligation機能がリリースされました。それ以前（IMC Version 8）との比較です。
なお、旧Ligation機能の一部（Advanced Ligation)はVersion 9でもそのまま使用できます。
| 機能 | Version 9 | ~Version 8 | 備考 |
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Ligation可能な最大Fragment数 |
数十 Fragments(結合可能組合せ数が数万通り） | 5 Fragments（3840通り） | |
| Fragment両端の形状表示 | あり | あり | |
| ライゲーション部位の塩基配列表示 | あり | なし | |
| 環状化機能 | あり | あり | |
| Ligation Simulation機能 | あり | なし | |
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Ligation ProductのFragment 結合順序指 |
不必要 | 必要 | |
| Simulation段階でのPlasmidMap描画 | 可能 | 不可 | |
| 探索アルゴリズム | DFS | BFS Like | |
| Adjacent Matrix 表示 | あり | なし | |
| Product 出力制限機能 | あり | なし |
新Ligation Panel
旧Advanced Ligation Dialog
- 参照数: 4815
IMC i05F06 新旧プラスミドマップの比較
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- カテゴリー: 環状ゲノムマップビューワ
IMC Version 9 において新PlasmidMap描画機能がリリースされました。それ以前（IMC Version 8）との比較です。
なお、旧PlasmidMap機能はVersion 9でもそのまま使用できます。
| 機能 | Version 9 | ~Version 8 | 備考 |
| 操作Windowの独立性 | New Cloning Workbenchに属するパネル | 独立描画Window | |
| 描画実行 | 自動 | 手動 | |
| Feature Key別同心円描画 | あり | あり | |
| FeatureKey別描画用同心円名称 | Ring | Circular Lane | |
| FeatureKey別描画パラメータ設定 | 可能 | 可能 | |
| FeatureKey 描画カラー設定 | 可能（単色：塗り・線追加予定） | 可能（線、塗り） | |
| FeatureKey別描画位置変更 | 可能 | 可能 | |
| FeartureKey 描画形状設定 | 可能（3種類から選択：追加予定） | 可能（3種類から選択） | |
| FeatureKey別ラベルフォントサイズ | 現在不可 | 可能 | |
| Feature個別描画カラー設定 | 現在不可（将来追加予定） | 可能（カテゴリー別、機能別など） | |
| Feature個別ラベル表示 | 可能：Qualifierから選択可能 | 可能：Qualifierから選択可能 | |
| PlasmidMap描画半径指定 | 自動 | 手動 | |
| PasmidMap中心テキスト編集 | 自動（ファイル名）＋塩基数 | 任意の文字列とフォントサイズ手動設定 | |
| スタイル設定の保存と読み込み | 現在なし（将来追加予定） | あり | |
| 半径方向の拡大・縮小 | Radial Zoomにより各Ring | なし | |
| 描画パネルのスクロール | 縦横スクロール可能 | スクロール不可 | |
| 描画されたマップの画像ファイル出力 | 未実装 | 可能（pdf, png, EMP,Default Printer) | |
| 塩基配列の表示 | Map上部のLinear Sequence Laneに表示 | なし | |
| 塩基配列の表示範囲の指定方法 | Mapの中心から伸びているハンドルを使用 | ー | |
| 制限酵素レーンへの酵素個別表示設定 | なし | あり | |
| 制限酵素ラベルフォントサイズ変更 | ー | 可能 | |
| Ligation前段階でのPlasmidMap描画 | 可能 | 不可 |
新PlasimidMap
旧PlasmidMap
- 参照数: 1491
当サイトの新サーバでの公開開始
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- カテゴリー: 重要なお知らせ
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こちらも利用可能:
当サイトは今週前半より不具合が発生したため、新サーバへの移転作業を進めておりましたが、復旧が概ね完了したため、本日より新サーバでの公開を再開しました。
ご利用の皆様にはご不便をおかけしました。
インシリコバイオロジー株式会社
- 参照数: 17534
IMC A0D ワークベンチの構成（OMICSモード）
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- カテゴリー: IMC Premium OMICS Edition
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IMCのワークベンチは以下の要素から構成されます。 （OMICS版モードの場合）
*印の要素は、ワークベンチウィンドウからのドックアウト（取り外し）、ドックイン（組み入れ）が可能です。 +印の要素は、非表示にすることが可能です。 |
- 参照数: 912
IMC N02 ローカルパスウェイビルダーの概要
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- カテゴリー: IMC N 代謝解析
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こちらも利用可能:
この操作の前に、「Set Pathway Draw Data」を実行してください。IMC起動後一度だけ実行します。
ローカルパスウェイビルダーで使用するペイン
Upper3 Tab2: 上段3列目：LPB: LocalPathwayBuilder タブペイン
- 代謝パスウェイ描画領域です。ここに 代謝パスウェイ が描画されます。
- この タブペイン は取り外し可能で、かつリサイズできます。
Center1 Tab1: 中段1列目：GSM: GenomeScaleModel タブペイン
Lower2 Tab1: 下段2列目：ExM: ExtendableMetabolites タブペイン
- 現在描画されている代謝パスウェイから１反応で到達できるメタボライトのリストを表示する タブペインです。
Lower3 Tab5:下段3列目：Rxn: Rxns List タブペイン
- CurrentGenomeScaleModel の ReactionList を表示する タブペイン です。
- 各カラムでソートできます。
Lower3 Tab6: 下段3列目：Mets: SpeciesList タブペイン
- CurrentGenomeScaleModel の Metabolte(Species) List を表示する タブペイン です。
Lower4 Tab1: 下段4列目：ExR: ExtendableRxns タブペイン
- LocalpathwayBuilder のキャンバスに伸長可能なReactionを追加する タブペインです。
操作方法のあらすじ
- メニューから METABOLOME > Load GenomeScaleModel をクリックします。
- Load SBML ファイル選択ダイアログが表示されるので、ゲノムスケールモデル（SBMLフォーマット）を選択します。
- 注：現在使用できるゲノムスケールモデルは、BiGG モデルです。
- ロードが完了すると、P33: 下段３列目の Rxns List タブペインにその情報がリスト表示されます。
- 1反応の描画
- Lower3: RxnsList タブペインから最初に描画したい反応を選択し、クリックします。
- Upper3: LocalPathwayBuilder タブペインにその反応が描画されます。
- 現在描画されている反応の代謝物から続く反応を追加
- Lower2: ExM : ExtendableMetsList タブペイン に表示されている代謝物を1個クリックすると、その代謝物が仲介する反応を Lower4: ExR: ExtendableRxnsList タブペインに表示します。
- Lower4 : ExtendableRxnsList の反応を1個クリックするとその反応が Upper3: LocalPathwayBuilderに追加されます。
- 参照数: 2234
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