GenomeTravelerのAlignment ViewerウィンドウのFeature Map Panel上でマウスドラッグして範囲指定し、その領域上でマウス右クリックして、メニューを表示したが、PCR Primer Designが選択できません（アクティブになりません）。また、この状態で、ツールボックスやメインメニューのPCR Primer Designをクリックすると、実行ダイアログは表示されるが、実行できません。

これはGenomeTravelerのバグでした。IMCでは正常に動作します。
現在修正中ですので、次のメジャーリリースGT Version 1.2で反映される予定です。

GT Version 1.2.4がリリースされ、この問題は解決されました。