imc-acをインストールしていますが、ホモロジーサーチを前のバージョンでは、HMサーチを使っていました。。
今回の新しくインストールしたもので、同様に行いますと、Please set up blast and formatdb command　と出てきて、シークエンスを入力する画面がでてきません。

Opption setting の所から、commandの所を選んで、blastall、やらformatdbの所をみると、

/Applications/imc_ae/bin/blast/x blast-2.2.14/bin/blastall /Applications/imc_ae/bin/blast/x blast-2.2.14/bin/formatdb

のようなことはセットアップされているようなのですが・・・・。

> /Applications/imc_ae/bin/blast/x blast-2.2.14/bin/blastall
> /Applications/imc_ae/bin/blast/x blast-2.2.14/bin/formatdb

上記2か所のblast/x blast-2.2.14というところを、
blast/blast-2.2.14と変更してみていただけませんか？
「x 」（小文字エックスと半角スペース）を削除して
Applyボタンを押してみていただけませんか？

Option SettingのCommandsの各項目は直接編集できます。