これまで正しく読めていた核酸配列をIMCに読み込んだら、3塩基毎にNが入るおかしな配列となり、配列数が3倍になってしまいました。

MenuのFile --> Auto Format Checkが"A.A."となっていると、核酸配列をIMCに読み込んでも強制的にアミノ酸配列とみなし、読込時に核酸コードからアミノ酸コードへの逆翻訳が行われます。
この結果、AはGCN, CはTGY、GはGGN、TはACNに置き換えられ、配列数が3倍になります。

配列認識機能を"Auto"か"N.A."にして、再度配列を読み込んでください。
メインメニューでは、File --> Auto Format Check　を　"AUTO"か"N.A."に切換えます。
ツールボックスでは、Auto Format Check ボタンをクリックし、"AUTO"か"N.A."に切換えます。