IMC Version 4.3.9からLocal Genome Rearrangement Mapの暫定機能版（ベータ版）がリリースされています。
２つの注釈付き近縁種ゲノムの全ゲノム配列同士を比較し、塩基配列レベルでの変異を双方のフィーチャーをアラインメントして表示します。

IMC Version 4.3.11がリリースされ、Local Genome Rearrangement Map機能が改良されました。
塩基配列アラインメントで、同一の塩基がアラインメントされる場合は文字表示を抑制できるようになりました。
アミノ酸配列の位置がずれるバグが残っています。

mac versionを使っています。試してみましたが、解析が終わった後、結果の窓が表れないです。その理由を教えて頂けませんでしょうか。
宜しくお願いします。

LGRM解析の結果は、フィーチャーマップ上にフィーチャーレイアウトスタイルを用いて特殊なレーン（LGRMレーン）を追加しておく必要があります。
この設定は、LGRM解析を始める前でも、LGRM解析が終了した後でも構いません。
手順は以下の通りです。

1. メニューからOption Setting --> Layout Styleを起動します。
2. Addボタンをクリックします。
3. Lane Type= "LGR Map", Height=120以上、FeatureにCDSを含めます。その他の設定は任意です。
4. Setボタンをクリックします。
5. LGRMレーンを適当な位置に移動します。
6. この設定を"New Registration"ボタンで新規のスタイルとして登録します。
7. Applyボタンをクリックすると、LGRMレーンが表示されます。

次回からは、Feature Layout Styleとして、ここで登録したスタイルを選択するだけで、LGRMレーンが表示されます。