注釈内に特定のキーワードを含むフィーチャーだけをまとめて、削除可能ですか？

削除できます。
1. IMCでキーワード検索を行います。
　　（検索対象のフィーチャーキーを限定できます）
　　・結果表示ダイアログ上に検索結果のフィーチャーがリストされます。
2. 削除したいフィーチャーにチェックをつけて、「Delete Feature」ボタンをクリックします。
　　・削除確認メッセージが表示されます。
3. はい(Y)をクリックします。
　　・削除指定されたフィーチャーがすべて異なるカラーで表示されます。
　　・この時点では、フィーチャーは削除されておらず、削除マークがついている状態です。
　　・「Restore All Features from Deleted」ボタンをクリックすると、削除指定されている
　　　フィーチャー全部が削除指定を解除されます。
4. ツールボックスの「Delete All Feature Completely」ボタンをクリックします。
　　・フィーチャーマップの削除指定フィーチャーが表示されなくなります。
　　・この時点では内部ファイルのみ更新されています。
5. 「Save as..」あるいは「Save ..」ボタンをクリックして、ファイルに書き込みます。
　　・この時点で、削除結果がファイルに反映され、元に戻すことはできません。

なお、指定されたフィーチャーキー全部を出力対象が除外する機能を開発中です。近日中にリリース予定です。

IMC Developer