環状のDNAにおいて、一番目とする塩基を変更する方法を教えてください。

1番目とする塩基の直前でその配列を切断します。切断方法は2種類あります。

1. Cloning→Cutting off the sequence...で切断する。この場合は、例えば、現在1001番目の塩基を第1塩基とする場合は、カット位置を「1001」とします。
2. 制限酵素で切断する。この場合は、うまくその位置で切断できる平滑末端を生成する制限酵素を選ぶ必要があります。

この後、Ligation機能を使用して、Self Ligationし、再環状化します。

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LigationしようとするとSelf LigationとEnd Checkというところにチェックを入れることができますがEnd Checkにはどのような意味がありますか？

実際のウェットなライゲーション実験では、ライゲーションされる末端同士の形状が相補的になることが必要とされています。少なくとも相補的でないとライゲーション効率が著しく悪い。
End Checkにチェックすると、この条件を充たす末端形状をもつDNA末端同士のみ共通結合します。すなわち、実験的にライゲーションできる末端同士のみ実際にライゲーションします。ｌ
End Checkにチェックしない場合は、実際の実験でライゲーションできるかどうかは無視して強制的に結合します。この場合は、実際に実験的にライゲーションできなくとも、コンピュータ上でライゲーションしてしまいます。

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