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各CDSの塩基数/アミノ酸数を知るには? 14 years 5 months ago #233

  • DLN
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各CDSの塩基数/アミノ酸数が表示されている場所はありますか?
今はCDS右クリックでDescription window内のLocationでFrom Toの数値から算出していますが
この付近に塩基数/アミノ酸数が表示されていると助かります。

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Codon Usageを使います。 14 years 5 months ago #234

  • akr-sp-1212728882
  • akr-sp-1212728882's Avatar
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  • Posts: 395
CDSを1個ずつ調べるには、以下の方法があります。
  1. フィーチャーマップの該当するCDSの上でマウス右クリックします。
  2. ポップアップメニューからShow Codon Usage...を選択します。
  3. Codon使用頻度表が評され、その上部に核酸数とCodon数が表示されます。
  4. Codon数にはストップコドンが1個含まれているので、アミノ酸数はCodon数マイナス1となります。
ゲノムの全CDSの総塩基数と総コドン数も表示できます。
  1. ツールボックスのShow Codon Usageボタンをクリックします。
  2. ゲノム全体の全CDS上の総塩基数と総コドン数が表示されます。
  3. 全CDS数も表示されるので、総アミノ酸数=総コドン数-総CDS数となります。


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