IMCでひとつのGenBank形式ファイルを更新続けると次第にGenBankファイルの中に/new=99999999, /update=999999999などのQualifierが大量にできてきます。
これらのQualifierを一括して取り除く方法はありませんか？

以下の設定をすると、指定したQualifierをGenBankファイルを「別名で保存する」時に一括取り除くことができます。
メニューからOption --> Feature SettingでScreeningタブパネルを開きます。
取り除きたいQualifierにチェックします（複数指定可能）。
File --> Save as...を選択して、別名で保存します。
保存ファイル名とフォルダーのファイル選択ダイアログが表示されます。このダイアログ上にある
Screen Feature(s)とScreen Qualifier(s)というチェックボックスのうち、Screen Qualifier(s)チェックボックスにチェックしてから、Saveボタンをクリックします。

すると、出力されたファイル上からScreening指定されたQualifierが削除されます。