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scaffoldingList のカラムの意味 14 years 5 months ago #236

  • YShiwa
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連結されたコンティグのリスト「scaffoldingList」において、
以下の各カラムの意味は何でしょうか?

Order1 Name1 Order2 Name2 Counts
28 contig00032 1280 contig01712 472

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Re: scaffoldingList のカラムの意味 14 years 5 months ago #237

  • akr-sp-1212728882
  • akr-sp-1212728882's Avatar
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  1. Order1とOrder2は、各Contig配列に自動的に付けられた連番です。
  2. Contig数が10000本あれば、1から順に1ずつ増分され、最後は10000になります。
  3. 末尾の1と2はペアエンドでブリッジされた「左側コンティグ=1」と「右側コンティグ=2」を意味します。
  4. Name1とName2は、コンティグの定義行の内容が表示されます。
  5. Countはその2つのコンティグをブリッジしているペアエンドの数を示します。

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