Genome Analysis Software Info Site

Official Technology Information Site of in silico biology, inc.

Welcome, Guest
Username: Password: Secret Key Remember me
  • Page:
  • 1

TOPIC:

Gapped Alignmentの設定について 14 years 3 months ago #342

  • TsubasaTakahashi
  • TsubasaTakahashi's Avatar Topic Author
  • Online
  • Posts: 7
MetagenomeGAMBLERに実装されていました2bp程度のGapを加えたマッピング(gapped alignment)を実行したいのですが、どうすればよろしいでしょうか?設定方法をお教えください。:huh:

Please Log in to join the conversation.

GTにはGapped Alignmentはまだ実装されていません。 14 years 3 months ago #343

  • akr-sp-1212728882
  • akr-sp-1212728882's Avatar
  • Online
  • Posts: 395
回答が遅れて申し訳ありません。

Gapped Alignemt機能は、MGG:MetaGenomeGAMBLERには搭載されておりますが、この処理は実行時間がかなりかかるため、現在のところGTには実装されていません。
処理時間の短縮のための改良が完了した段階で実装する予定です。

GT Developer

Please Log in to join the conversation.

Re: Gapped Alignmentの実装予定時期 14 years 3 months ago #348

  • akr-sp-1212728882
  • akr-sp-1212728882's Avatar
  • Online
  • Posts: 395
Short Read側へのギャップ挿入については、2011年3月末までに実装する予定です。
Reference Gennome側へのギャップ挿入機能については、2011年4月末までに実装する予定です。

GT Developer

Please Log in to join the conversation.

  • Page:
  • 1
Time to create page: 0.031 seconds