ＭＡＣにおけるGenome Traveler でインポートしたReads（single reads、fasta形式、容量：8.74G）データについて、Auto Mappingを実施(スタート)すると、直ぐに「Mapping Error: fragment sequence file is not found」のメッセージが現れ、停止します。何が問題なのでしょうか？（Readsデータ容量の問題でしょうか？）。よろしくお願い致します。

GTがErrorとなった場合は、通常Logが自動表示されるようになっていますが、その内容はどのようなものでしたか？

エラーメッセージ「fragment sequence file is not found.」は、指定したデータディレクトリ以下から塩基配列が１つも取得できなかった場合に表示されるエラーメッセージです。

考えられる原因としては、指定ディレクトリ以下に塩基配列ファイルが存在しないか、読み込める形式のファイルがないためです。

Reads（single reads、fasta形式、容量：8.74G）

と書かれておられる事から、読み込もうとされているファイルはMultiple形式ファイルですので、そのファイルがFASTAファイルとして認識できないためではないかと思われます。
MacOSでご利用中との事で、ファイル先頭に余分なヘッダがあったりする事で、FASTAファイルと認識できないためなのかも知れません。
まずは、読み込もうとされているファイルの先頭から数行分の内容について調査してみて頂けないでしょうか？

例）tailコマンドによるテキストファイル先頭行の確認

　　ターミナルを開き、以下のコマンドを入力実行

　 tail -r [FASTAファイル]

よろしくお願いします。

※ＦＡＳＴＡファイル判定について
　
　ファイルの先頭行が「>」から始まらなくてはなりません。
　（gz圧縮ファイル形式に対応）