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primer listの表示について 14 years 5 months ago #251

  • DLN
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Primer registration内のPrimer listのところに現在のLength, Tm等に加えてそれぞれのプライマーのpositionが表示されていると助かります。

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Primer List上でなく、その各行にある「Show」ボタンをクリックすることで表示されることではどうでしょう? 14 years 5 months ago #254

  • akr-sp-1212728882
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Primer Listの右端に現在はPCRできた配列を表示しその配列ファイルを自動的にIMC読み込む「Show」ボタン機能はありますが、その配列上のPriming Positionの表示はありません。
「Show」ボタンをクリックすると複数のPCR産物を含む配列ファイルの存在場所が表示されます。この「Show」で表示される配列ファイルリスト上にそのPriming Positionを表示する方法で対処したいと思いますが、いかがでしょうか?

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Last edit: by akr-sp-1212728882.

Re: Primer List上でなく、その各行にある「Show」ボタンをクリックすることで表示されることではどうでしょう? 14 years 5 months ago #266

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目的からご説明しますと...

私のPrimer Listの使い方がまちがっているかもしれませんが、Primer Listにあるプライマーの一覧を一括してエクセル等にリスト化したいです。PCR primer desigh を行った際に出てくるPrimer Listはcsvファイルで書き出すことができ、そこにはポジションに関する情報も含まれていますが、作成するプライマー数が多いと一つずつcsvファイルに書き出すのが大変です。PCR primer desighを行った際のリストの書き出しと同じような形で作成した複数のプライマーについて一括してcsvファイルの書き出しが行えるとありがたいです。もし、すでにこのようなことが行える機能があれば教えてください。

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2つほど方法があります。これではいかがでしょうか? 14 years 5 months ago #267

  • akr-sp-1212728882
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  1. 設計したPrimerをPrimer Listに登録すると、登録されているPrimerをカンマ区切りのフラットファイルで出力できます。これは、出力するPrimerを選択した後に、"Save as.."ボタンをクリックすることで実行できます。このファイルはCSV形式ファイルではありませんが、Excelに表形式で読み込むことができます。
  2. また、バッチPCR Primer Design機能やWhole Genome PCR Primer Design機能を使用して多数のプライマーを設計した場合には、Primer Listの左側を全部選択した後、右下のSelect The Best Primerをクリックし、さらにCSVボタンをクリックして出力します。

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「Show」ボタンにて表示される項目に、Priming Site (Position) を追加しました。 14 years 4 months ago #309

  • akr-sp-1212728882
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PCR Primerリストウィンドウで、一回以上PCRを実行した事のあるプライマーセットについては、塩基配列のどの位置にPrimingしたかという位置情報が追加されました。

上記機能はIMC Version 4.2.15で追加されました。

なお、この機能では予めPrimingされる塩基配列ファイルを読み込んでおく必要はありません。一度でもPCRを実行して、保存された塩基配列ファイルを自動的にIMCに読み込んで(Loadして)くることができます。
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