コマンドラインでInterProScanを実行した以下のようなファイルがあります。
このファイルの情報をGenkbankファイルにインポートする機能が欲しいです。

1カラム目のa6_0004はlocus_tagなので、これで紐付けできないでしょうか。
4カラム目のsuperfamilyの部分がアノテーションの種類なので以下のように
/note="superfamily: SSF51726; UROD/MetE-like"
とインポートする機能が欲しいです。

a6_0004 A486A19AF4E7100E 275 superfamily SSF51726 UROD/MetE-like 1 275 1e-71 T 10- 2月-2012 NULL NULL
a6_0004 A486A19AF4E7100E 275 HMMPfam PF08267 Meth_synt_1 2 274 7.1e-96 T 10- 2月-2012 IPR013215 Cobalamin (vitamin B12)-independent methionine synthase MetE, N-terminal Molecular Function: 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase activity (GO:0003871), Molecular Function: zinc ion binding (GO:0008270), Biological Process: cellular amino acid biosynthetic process (GO:0008652)
a6_0004 A486A19AF4E7100E 275 Seg seg seg 22 34 NA ? 10- 2月-2012 NULL NULL
a6_0004 A486A19AF4E7100E 275 Gene3D G3DSA:3.20.20.210 no description 1 274 3.1e-92 T 10- 2月-2012 NULL NULL
a6_0004 A486A19AF4E7100E 275 Coil coil coiled-coil 24 52 NA ? 10- 2月-2012 NULL NULL

今後の追加機能として開発計画に登録します。

2012年4月24日リリースのIMC Version 5.1.2にこの機能を実装しました。
メニューからFile --> Import InterProScan File...で実行します。