IMC Version 5.2は2012年6月中にリリースされる予定ですが、このVersionから配列ファイルのLoad結果の表示方法がディレクトリーツリー方式に改良されます。

１つの物理的rootディレクトリの下に複数の配列フォルダーを登録可能です。
それぞれの配列フォルダーにはMAINとREFというサブフォルダーが生成されます。
MAINサブフォルダーにMain Feature Map上に表示する配列をロードし、REFサブフォルダーにMGV(Multiple Genome Viewer = Reference Map)に表示する配列をロードします。
登録されている配列フォルダーを切換ると、ただちにMain Feature MapとMGVの表示が切り替わります。

外付けHDDやネットワークディクス上に複数の物理rootを作成でき、複数のrootを切換えて使用することができます。

下記のリンクが間違っていたため、修正しました（2012/8/22)
詳しくは、 こちら をご覧ください。