従来型のシーケンサでシーケンシングして、メタゲノムギャンブラーでアセンブルした結果得られたコンティグ配列（複数）のなかから
別のある塩基配列をクエリーとした相同性検索を行おうとしたが、相同性検索のメニューが出てこない。

2010/10/21「J大学Ｉさんからの質問」フォーラム開設以前のため、代理投稿しました。-Forum Administrator-

NCBI Blastの設定がうまくいっていない可能性がありますので、Blastが正しく設定されているかどうかを確認します。

1. メニューのOption Setting --> Option Setting -> commnadsタブ　を開きます。
2. そこにblastなどの実行ファイルが正しく設定されているかを確認します。
3. 下記のようにブランクの場合は正しく設定されていません。

この場合は、各項目の右側のRef..ボタンをクリックして、NCBI BLASTがインストールされている場所から
blastの実行ファイルを指定します。

Windowsの場合は、
C:\Prograim files\isb\imc_xx\bin\blast\binの下にあるblastall.exeとformatdb.exeを指定します。
Macの場合は、
Applications/imc_xx/bin/blast/blast-x-x/binの下にあるblastall.exeとformatdb.exeを指定します。

Applyボタンをクリックします。

次に、コンティグのファイルであるMultiple FastA形式のファイルを指定して、相同性検索用のデータベースを作成します。
１．メニューの File --> Create Blast DB を選択します。
　・すると以下のデータベース設定ダイアログが表示されますので、「Add Nucleic Acid DB..」をクリックします。



２．以下のダイアログが表示されるので、コンティグのファイル名と任意のデータベース名、および任意の格納場所を指定し、
　　Setボタンをクリックします。これでデータベースが登録され、検索メニューに表示されるようになります。