in silico molecularcloningをつかって、ウイルスのゲノムデータのホモロジー検索を行いたいと考えております。
そこで、
１）ＮＲ data baseのダウンロード方法
　（ウイルスのデータベースもあれば）と、
２）ダウンロードしたデータベースをin silico moleculaｒcloningにいれて、実際に検索する方法
をお教えいただければと存じます。

「2010/06/30 K大学Ｔさんからの質問」代理投稿しました。-Forum Administrator-

まず、アミノ酸データベースです。
NRは2.6GBもありますので、
まずはSwissProtか、ウイルスだけのアミノ酸データベースで
試されるのがよいと思います。

NRデータベースのサイト
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz

SwissProtデータベース
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/swissprot.gz

ウイルスのデータベース（２つに分割されています）
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/release/vi...ral1.protein.gpff.gz
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/release/vi...ral2.protein.gpff.gz


１．上記をダウンロードして、どこかに保存します。
２．IMCを起動します。
３．メニューFile →　Create Blast DBを選択（あるいは上段中央のDBボタンクリック）します。
４．Blast DB Listというウィンドウが開きます。
５．Add Amino Acid DBをクリックします。
６．Blast DB Settingというウィンドウが開きます。
７．Amino Acid File欄にRefボタンをクリックして、保存した上のデータファイルを指定します。
　　ウィルスデータの場合は、同時に２ファイル指定してもＯＫです。
８．DB Nameに任意の名前（半角アルファベットがよい）を入力します。
９．Save Local Directoryの方を選びます。
１０．Setボタンをクリックします。
１１．データベースが登録されます。
１２．一旦、Blast DB Listウィンドウを閉じます。
1個ずつ相同性検索を実行する場合
１１．フィーチャーマップの任意のORF/CDSを右クリックします。
１２．　メニューでShow Homology AA（Amino Acid DB)を選びます。
１３．登録されたＤＢを選びます。
１４．相同性検索が実行されます。
全部のCDS/ORFあるいは指定領域にあるすべてのCDS/ORFを相同性検索する場合
１１．フィーチャーマップ上をマウスドラッグします。
１２．領域がカラーで表示されます。
１３．その領域上でマウス右クリックします。
　　　　以下同じ。
全部のCDS/ORFを相同性検索する場合
１１．メニューのGenome Analysis → Homology Search by All Featureをクリックします。
　　　　以下同じ。

とりあえず、ここまでトライしていただけませんか？

IMC Developer