PCR Primer Design機能を用いて、600bp程度のプライマーセットを設計しようとしましたが、Max Tmを74℃にしてもあまり設計できません。パラメータ設定をどのようにしたら設計できますか？

代理投稿

以下のパラメータを変更すると設計されるPrimer数が増加します。

A. 3' Terminated with G or C = Checked (Default)
B. Primer Search Range(Extra Up/Downstream Bases)= 200bp(Default)
C. Max Self Complementarity = 3 (Default)

このうち、Aの設定は変更しない方がよいので、BCを変更することになりますが、
Primer塩基長が24-26bpなのでC=4にしてもよいと思います。
その後で、設計できなかった領域を再設計し、Iteration毎にに少しずつBを大きくします。

ただし、これはPrimerの候補を多く得るための便宜的な方法で、これで設計されたPrimerで必ずしも
増幅できるとは限りません。